狗狗基因怎么测？
其实题主的问题我大概知道，因为我也曾经为这个难题苦苦思索过一段时间，不过后来机缘巧合之下找到了答案（虽然不是很完整）.....
先说结论：目前市面上所有的狗用染色体检测都只是把一条染色体拆成N份然后分别进行测序，这种测序方法得到的染色体信息只是单链的，而且每个SNP的位置都只有1个数据点，因此这些信息是不足以将不同犬种的染色体拼回来的 -- 这个结论是我从一些文献中整理出来的，包括有下面几篇：
Meyer M， Sauer N (2012) Can genome-wide data be used for phylogenetic analyses of dogs？ Genome Res 22： 38-47 该文指出基因组水平的数据无法用于犬类的起源研究，并提出了自己的解决方案：利用基因组序列和形态学数据、蛋白质组数据和分子系统发育数据共同来推断犬类的进化历史。
Sorensen PH， et al．（2016）Reconstructing dog domestication and early history with a genome sequence from an early domestic dog. Science 351 ： aad9970 这篇文章就是之前在推特上闹得沸沸扬扬的“考古DNA”事件的主角，他们通过考古发掘出来的狗牙齿化石中的线粒体DNA重建了其中一只远古犬类祖先的整个进化历程，进而间接推测出了现代犬类的分化过程；
Hernandez RD， et al.(2013)Genotyping Ancient DNA from Dog Teeth by Target Enrichment Sequencing. PLoS ONE 8（10）e77914. doi：10.1371/journal.pone.0077914 这篇论文里详细说明了如何对古代犬牙进行靶向捕获测序并且得到一个相当准确的遗传图谱。
Tautz D， Wood JL， Sutter NB， et al. (2016) The Dog Got Its Toes Backwards． Nature 538：135 该文章主要是对上述的三项技术进行了概述介绍。 而这三项技术在原理上的核心思想都是同一个：就是对古代的犬牙碎片进行靶向捕获测序并将所得的基因组重新拼接回来，所以它们在操作过程中所采用的策略基本上都是一样的！
由于本人不是相关专业的，因此我只能提供以上文献的链接自己亲自去查阅，如果有感兴趣的可以自己去了解一下。 另外推荐一下 @Cyan 我看这位答主也很专业，他的这个答案写得也不错